Inicialmente era um povoado chamado Gamela. Em 1887 foi elevado à categoria de Vila e passou a chamar-se Isabel, em homenagem à Princesa que libertou os negros da escravidão. Mais tarde, em 1892, recebeu o nome de Maragogi por causa do rio que banha o local. O nome, segundo historiadores, provém de ‘Marahub-gy’, ou rio das Maraubas. Outras interpretações traduzem Mair-aqui-gy-po como rio livre, amplo.
Maragogi tomou parte ativamente nas lutas contra os holandeses. No local registraram-se intensos combates em Barra Grande e São Bento, quando as tropas vinham do Recife com destino a Porto Calvo, que era o local de escoamento da produção agrícola da região, principalmente a cana-de-açúcar. Coube aos moradores da antiga vila desarticular, por duas vezes, tentativas de desembarque holandês no local.
Hoje em dia, a cidade de Maragogi é conhecida pelas barreiras de recifes de corais e por suas maravilhosas piscinas naturais que formam uma das atrações mais procuradas por turistas do mundo inteiro.