Maragogi war früher ein kleines Dorf namens Gamela. Im Jahre 1887 bekam es die Stadtrechte und änderte seinen Namen in Isabel zu Ehren der brasilianischen Prinzessin Isabel, die durch ein Gesetz die Sklaverei in Brasilien beendete. Im Jahre 1892 wurde der Name erneut geändert in Maragogi, nach dem Fluss der durch das Fischerdorf fließt. Maragogi stammt von Marahub-gy oder ‘Fluss des Marauba Stammes’.
Niederländische Geschichte Die Provinzen Alagoas & Pernambuco sind bekannt auf Grund ihrer historischen Verbindung zu den Niederlanden. Im Jahre 1630 vielen die Niederlande in Pernambuco ein und besetzten die Region für 24 Jahre. Eine Invasion in Salvador im Jahre 1624 misslang. Im Jahr 1636 wurde Graf Maurits van Nassau, der Grossneffe von Willem von Oranien zum Gouverneur der niederländischen Kolonien, in der Zwischenzeit bekannt als ‘Pernambuco’, ernannt. Noch heute werden die 7 Jahre unter seiner Führung als eine Zeit großen Fortschrittes gesehen. Recife, die Hauptstadt Penambucos war die erste planmäßig gebaute Stadt auf der westlichen Halbkugel. Unter Niederländischem Einfluss wurde es die erste Stadt auf der südlichen Halbkugel mit einer astronomischen Forschungsstation und mit einer Synagoge. Auch das erste Parlament in Süd Amerika wurde während der Niederländischen Besetzung geformt.
Die Einwohner von Maragogi waren eng verbunden mit dem Streit gegen die Niederländischen Besetzer. In verschiedenen Viertel von Maragogi, in Barra Grande und Sao Bento hat man sich viele Gefechte geliefert als die niederländischen Truppen auf dem Weg von Recife nach Porto Calvo, dem Herzen der damaligen Zuckerrohrindustrie, waren. Es ist den Einwohnern zwei Mal gelungen zu verhindern, dass die niederländischen Besatzer an Land gehen konnten. Insgesamt haben die Niederländer nicht lange Stand gehalten, sonst würden die Brasilianer heute vielleicht keine Hawaiianischen Slipper sondern Holzschuhe tragen. Heutzutage wird der Zeitraum von 1630 bis 1654 in Pernambuco als „Niederländische Periode“ bezeichnet. Recife kennt starke historische Verbindungen zu den Niederlanden. Einige Überreste aus dieser Zeit, wie zum Beispiel Fort Orange auf der Insel Itamaracá (60 Km nördlich von Recife) sind heute Touristenattraktionen.
Heute ist Maragogi bekannt durch die beeindruckenden Korallenriffe und die natürlichen Bäder, die eines der meist besuchten, natürlichen Phänomene der Welt sind.